Bönhamn fiskeläge har med sin väl skyddade hamn varit en naturlig natthamn för fiskebåtar och mindre kustgående lastfartyg sedan århundraden tillbaka i tiden. Fiskare från Gävletrakten använde redan under 1500-talet Bönhamn som boningsplats under sommarmånaderna och dessa fiskare uppförde också Bönhamns kapell år 1658. Kapellet är mycket välbevarat och ett av norrlandskustens äldsta kapell.

Det finns flera olika berättelser om hur ortsnamnet ”Bönhamn” uppkom. Enligt en av dessa kom gävlefiskarna från fiskeläget ”Bönan” nordöst om Gävle och sökte skydd för sina fiskebåtar i den långsmala havsviken som de gav namnet ”Bönhamn”. Enligt en annan sägen gick fiskarna med sina båtar in i hamnen för att ”böna sina båtar”, det vill säga ”täta sina båtar”. En av grundarna till ”Arnes Sjöbod”, Gösta Näslund, menade att fiskarna under hårda stormar sökte skydd i fiskeläget och ”bad en bön” för fiskare och andra sjömän som fortfarande var kvar på det öppna och stormiga Bottenhavet.

Mellan 1920-1930 bodde omkring 100 personer i det idylliska fiskeläget och Bönhamn var fram till 1960-talet ett aktivt fiskeläge med många yrkesfiskare och även ett flertal salterier. Det mest kända salteriet var Bröderna Näslunds Salteri som bland annat tillverkade den mycket omtyckta ”Bönhamns mildsaltade surströmming” fram till 1975. Minskade fiskefångster har medfört att antalet yrkesfiskare reducerats allt mer och idag återstår i huvudsak endast fritidsfiskare vars förfäder varit gamla yrkesfiskare.

Det genuina fiskeläget med sina karakteristiska sjöbodar och gistvallar har succesivt övergått till ett populärt besöksmål för turister och turismen utvecklades starkt på framförallt 1970-talet. Gästhamnen anses vara en av de bästa längs norrlandskusten vilket bidragit till att många segel- och motorbåtar lägger till i Bönhamns fiskeläge.

Bönhamn har också haft flera små industrier under årens lopp. Bönhamns Bleckemballage fabrik som tillverkade plåtburkar, drevs fram till slutet av 1970-talet. I början på 1980-talet startades träindustrin ”Nordingrå Trä, som idag tillverkar bland annat trägolv, trappräcken och svarvade träpelare.

Befolkningsminskningen har i likhet med många andra orter i Norrland varit kraftig sen 1940-talet och idag bor endast 15 personer året runt i Bönhamns fiskeläge.